Près d'un petit village médiéval situé en bord de mer, Kubo, jeune garçon vif et intelligent, s'occupe de sa mère. Il mène une existence modeste de conteur de rue où il narre aux villageois des récits fantastiques illustrés avec ses personnages en origami qui prennent vie au son de son extraordinaire instrument de musique. Mais le jeune garçon voit sa vie bouleversée lorsqu'il invoque, par mégarde, un esprit démoniaque de son passé surgi des cieux pour accomplir une vengeance ancestrale. Désormais en fuite, Kubo s'allie avec un Singe protecteur et un Scarabée samouraï pour tenter de sauver sa famille et de résoudre le mystère de la déchéance et de la disparition de son père, le plus grand samouraï de tous les temps...